Юлдаш Ахунбабаев стал первым руководителем Узбекской советской социалистической республики, Ф. Ходжаев премьер-министром. Однако, Узбекская республика фактически не была независимой, подчиняясь советской России. Ф. Ходжаев боролся за то, чтобы Узбекистан стал независимым не только на бумаге, но и на самом деле. Он не смог добиться своей цели.
Файзулла Ходжаев горько сожалел о том, что поверил советской России. Он вышел против того, чтобы превратить Узбекистан в страну, где выращивается только хлопок. Также, будучи борцом за свободу и справедливость хотел, чтобы представители местного населения тоже занимали высокие государственные должности.
В 1938 году Файзулла Ходжаев был расстрелян. В 1965 году Высший военный суд признал его невиновным, и он был оправдан.

В 1996 году в нашей стране широко отмечалось 100-летие со дня рождения видного государственного и политического деятеля Файзуллы Ходжаева.